Il piccolo museo presenta, attraverso un bell’allestimento caratterizzato da poche vetrine e da molti supporti didattici, il territorio dei Colli Euganei dal punto di vista storico e naturalistico, suddividendo il percorso in due grandi sezioni: la Sala Ornitologica e la Sala Archeologica. La Sala Ornitologica contiene una collezione – donata da Domenico Biasiolo, originario di Galzignano – di 175 esemplari di volatili, che rappresentano la maggior parte delle specie ornitiche presenti nel territorio dei Colli: particolarmente suggestiva è la sala in penombra dedicata agli uccelli rapaci notturni.
La Sala Archeologica custodisce i reperti venuti in luce nel Novecento, durante i lavori per la sistemazione della pavimentazione di una villa cinquecentesca di proprietà della famiglia Benacchio; il materiale è stato restaurato e donato al Comune di Galzignano. La collezione è per lo più composta da vasellame da cucina e da mensa databile tra il XV e il XVII secolo, prodotto da officine padovane: accanto a pezzi molto semplici d’uso quotidiano e privi di ornamento, si annoverano manufatti di un certo pregio, con ricchi motivi decorativi.