Il museo è stato trasferito nel corso del tempo in diverse sedi tra cui l’ex Palazzo del Pretorio, il Castello di Monselice e Villa Pisani; dal 2017 è ospitato nel complesso monumentale della restaurata Chiesa di San Paolo. Il percorso espositivo si snoda attraverso due grandi sezioni: il Museo della Città e l’area degli scavi dell’ex Chiesa di San Paolo.
Il Museo della Città raccoglie le più significative testimonianze relative ai 7000 anni di storia del territorio, ripercorrendone le trasformazioni ambientali e le vicende economico-sociali: a partire dal Neolitico, epoca in cui si datano le prime frequentazioni del territorio, il visitatore è accompagnato nelle diverse fasi storiche dai numerosi reperti ordinati in una sequenza cronologico-tematica, che conduce sino alla costituzione dell’antico vicus di Monselice (sorto intorno alla metà del I secolo a.C. tra Este e Padova) e alle fasi di romanizzazione, ben illustrate da manufatti funerari, epigrafici e votivi; attraverso il Medioevo, si giunge poi alla dominazione veneziana, al governo austriaco, ai conflitti mondiali, per arrivare infine agli anni più recenti del dopoguerra. L’allestimento suggerisce ovunque la relazione tra la città e il paesaggio circostante, valorizzando il legame diretto con il territorio di appartenenza. L’area degli scavi del complesso monumentale di San Paolo illustra le diverse fasi di sviluppo architettonico della prima chiesa, dall’Alto Medioevo (VIII-IX secolo d.C.) sino al Settecento, con gli affreschi che ancor oggi ne abbelliscono le pareti.