Il complesso si imposta su una preesistenza trecentesca riferibile probabilmente a una casa-torre fortificata, di cui restano ancora alcune tracce sulle attuali murature (come la recinzione merlata) e nella parte inferiore della torre colombara, edificata presso l’angolo sud-est della proprietà.
L’attuale struttura venne creata nel Cinquecento, periodo al quale sono da riferire le casette a schiera a un piano poste a ovest della corte, la cui presenza ha fatto supporre un’occupazione monastica del complesso, dato che a Sant’Elena sono presenti sin dal Quattrocento monaci Olivetani provenienti dal monastero di San Benedetto Novello di Padova.
Oltre alla villa, la corte, la colombara, e la recinzione merlata e le casette a schiera, il complesso comprendeva all’epoca anche il brolo e la peschiera. La barchessa realizzata completamente in cotto è invece di impianto tardo cinquecentesco. Posta al centro di Sant’Elena, è caratterizzata da una lunga serie di arcate a pieno sesto, poggiate su pilastri cui si addossano delle lesene. La costruzione della chiesa infine, posta tra l’entrata alla corte signorile e quella di servizio, è da collocarsi tra il Seicento e il Settecento.
Nel 1857 tutto il complesso venne risistemato da Achille Casanova e nello stesso periodo venne realizzato il parco romantico, sul terreno anticamente occupato dal brolo (circa 8 ettari), su disegni di Osvaldo Paoletti: in esso si susseguono arredi architettonici classicheggianti, il ninfeo, l’edicola dedicata a Cavour, grotte e molino, un villino svizzero per la casa del giardiniere. Alla villa vennero inoltre aggiunte le serre e la limonaia, con il soprastante granaio, che la congiungono alla colombara. La facciata del corpo padronale venne sistemata e affrescata secondo il gusto rinascimentale, mantenendo però intatto il portale in stile gotico; negli interni il Casanova decorò con finti stemmi e drappi il salone principale, mentre dipinse segni zodiacali nella cosiddetta “Sala dei Ventagli”.