Il museo sorge all’interno della fornace di Cava Bomba – così chiamata per la presenza di una sorgente nelle vicinanze del complesso, detta appunto “Bomba” – costruita nel 1882 in un’antica cava di trachite ai piedi del Monte Cinto.
Si tratta di un bell’esempio di archeologia industriale nel settore della produzione della calce nei Colli Euganei. La fornace, attiva sino agli anni Settanta, è stata oggetto di un accurato restauro, che consente la fruizione e la ricostruzione del ciclo produttivo: in alto, dove si trovava la sommità del forno in linea con il piano di cava, a esso collegato tramite un pontile sul quale scorrevano i carrelli, si caricava il materiale; nella parte inferiore, tramite apposite bocche, si scaricava la calce viva.
Le raccolte museali conservate all’interno del complesso ripercorrono la storia dei Colli Euganei, dalle origini vulcaniche al più recente passato, con particolare riferimento ai reperti geologici e fossili. Il percorso di visita si articola in tre sezioni: la geologia dei Colli Euganei, introdotta da un settore dedicato alle scienze della terra; la mineralogia, con materiali provenienti da tutto il mondo; la collezione Da Rio, che comprende minerali, rocce e fossili raccolti tra il 1700 e il 1800 dal naturalista e letterato padovano Niccolò Da Rio. Nel cortile è organizzata una sezione dedicata alle modalità di estrazione e di lavorazione manuale dei materiali lapidei.
Recentemente è stato inaugurato un parco geologico esterno, con macro campioni di roccia e modelli di animali preistorici a grandezza naturale.