La chiesa venne realizzata nell’XI secolo e apparteneva, originariamente, al monastero benedettino di Santa Giustina di Padova. Nel Settecento l’edificio venne completamente ricostruito e a quest’epoca risalgono anche la maggior parte delle opere che ne abbelliscono gli interni: l’altare maggiore in marmo, scolpito da Giuseppe Bernardi (conosciuto come “il Torretto”), il ciclo pittorico dei Santi Apostoli, opera di Vincenzo Damini, e alcuni dipinti di Gaspare Diziani e degli allievi della sua scuola. Nel corso dei secoli nella chiesa si sono raccolte numerose opere pittoriche realizzate attorno al XVIII secolo, che hanno dato vita a una pregevole quadreria.
La chiesa è oggi meta di molti fedeli durante la festa di Santa Lucia, celebrata il 13 dicembre e particolarmente sentita dagli abitanti di Monselice perché legata alla lavorazione della trachite euganea, attività da cui un tempo il territorio traeva grande profitto.