Il museo, ospitato all’interno del Castello di San Zeno, si divide in tre sezioni: archeologica, medievale-moderna e musicale.
Nella sezione archeologica, al piano terra, sono esposti i reperti più antichi: armi e strumenti in selce del tardo Neolitico e dell’Eneolitico che attestano la frequentazione della zona già in età pre-protostorica. L’esposizione continua poi con materiali dell’età del Ferro con i manufatti che provengono dalla località Borgo San Zeno, pertinenti a un vasto abitato databile tra la metà del IX e gli inizi dell’VIII secolo a.C.. Questi reperti offrono uno spaccato sulla vita delle antiche città venete sia relativamente al mondo domestico, come illustrano le ceramiche da mensa, da cottura o per la conservazione dei cibi e gli strumenti per la filatura e la tessitura, sia per quanto riguarda gli aspetti artigianali, come testimonia la presenza di officine per la produzione e la lavorazione del bronzo, della ceramica, dell’osso e della pasta vitrea. Le testimonianze di età romana provengono per lo più dalle ville rustiche (macine, frantoi, un frammento di orologio solare, tubature di acquedotto, ecc.) e dai sepolcreti che si estendono a sud del centro moderno (segnacoli di sepolture e corredi funerari). Particolarmente ricchi risultano i corredi funerari relativi alla necropoli della gens Vassidia: la scoperta di questo sepolcreto, avvenuta nel 1974, diede avvio all’istituzione stessa del Museo Civico di Montagnana.
La sezione medievale e moderna, al primo piano, illustra la storia della città e dei suoi edifici in questo orizzonte cronologico, attraverso l’esposizione di dipinti trecenteschi e tele di scuola veneta databili al XVII e al XVIII secolo. È inoltre esposta una ricca raccolta di vetri e ceramiche locali, prodotti tra il Trecento e l’età rinascimentale. Il secondo piano è infine dedicato a due tenori originari di Montagnana, Giovanni Martinelli (1885-1969) e Aureliano Pertile (1885-1952): abiti di scena indossati dal Martinelli in opere rappresentate al Metropolitan Opera House di New York tra il 1914 e il 1925, fotografie originali, locandine e altre testimonianze dell’attività e della fortuna internazionale dei due artisti. Durante la visita è inoltre previsto l’ascolto di una selezione di brani interpretati da questi due celebri tenori.