Le notizie circa la data di costruzione di questo edificio non sono molto chiare. Al 1350 risale la concessione papale ai frati minori per la realizzazione di una chiesa (con annesso campanile e cimitero) nei pressi delle mura urbiche di Montagnana. Tuttavia l’edificio presenta numerosi elementi romanici che lo avvicinerebbero maggiormente a una costruzione duecentesca.
Nel 1381 la chiesa si presentava a doppia navata, leggermente più bassa e corta rispetto alle forme attuali. Nel corso dei secoli successivi, l’edificio venne ampliato, sopraelevato e dotato di tre absidi e un campanile. Alla metà del XVIII secolo la chiesa venne sconsacrata e la demolizione fu scongiurata solamente grazie all’intervento di alcuni generosi cittadini che effettuarono cospicue donazioni per la sua riapertura al culto. Dagli anni ’60 del Novecento, nel monastero sono ospitate le Suore Clarisse.