Probabilmente questa piccola chiesa intitolata a Santa Margherita in origine faceva parte del convento che venne fondato in località Altaura attorno all’anno Mille. La prima menzione in un documento scritto risale al 1297 e la sua esistenza è comprovata dalle fonti anche per il Quattrocento.
L’edificio attuale è il frutto di un intervento di restauro eseguito nel 1536, ma sopravvivono alcuni elementi di probabile epoca precedente quali il portale d’ingresso e le arcatelle a sostegno del cornicione e dei salienti del tetto. Alla fine dell’Ottocento risale, infine, l’affresco che decora il soffitto della chiesa.