Il museo, istituito nel 1992, è allestito all’interno della Torre di Malta, fatta erigere da Ezzelino da Romano nel 1251 e utilizzata come prigione. In esso sono esposti, secondo un ordine topografico e cronologico, reperti archeologici relativi a tre grandi fasi storiche: la protostoria (Età del Bronzo ed Età del Rame), l’epoca romana e il periodo medioevale-moderno. Si tratta di materiali rinvenuti negli scavi condotti nei primi anni Novanta nel centro storico di Cittadella e nell’area prossima alle mura.
Nella prima sezione, dedicata alle fasi pre-protostoriche, è possibile ammirare frammenti di dolii, olle, scodelloni, vasi da mensa e da cucina, fusaiole, pesi da telaio, pedine da gioco, macine e oggetti riferibili alla sfera cultuale e rituale. I reperti provengono per lo più dai villaggi arginati del Bronzo Recente di Cittadella, da quello della tarda Età del Bronzo di S. Martino di Lupari e da quello di “Le Motte di Sotto” a Castello di Godego, San Martino di Lupari.
Dell’età romana si trovano alcuni cippi iscritti relativi al territorio della centuriazione nord di Padova: tra tutti, merita di essere segnalato quello rinvenuto a Grantorto, recante l’indicazione sia della divisione interna dei limiti della centuria, sia della sua distanza dal decumano massimo (rappresentato dalla Via Postumia) e dal cardine massimo.
Numerosi sono poi i reperti di epoca medievale e rinascimentale: soprattutto ceramiche (tra cui maioliche), ma anche metalli (come chiodi, anelli, spilli e monete) e vetri.
