Probabilmente la chiesa venne eretta attorno al 1130 dai monaci dell’abbazia di Santa Giustina di Padova. Dalla decima papale del 1297 sappiamo che era soggetta alla Pieve di Bovolenta. Un documento del 1489 ne descrive l’aspetto al momento della visita pastorale del vescovo Pietro Barozzi: si trattava di un edificio a pianta rettangolare, di circa 10×7 metri, dotato di due altari e un campanile addossato al lato nord, che veniva utilizzato solamente per le celebrazioni dei monaci e non per le normali funzioni aperte ai fedeli, non possedendo un canonico titolare. Nel 1516 la vecchia chiesa venne completamente ricostruita dagli stessi monaci.
L’attuale campanile risale al 1909 e venne ricostruito poiché la torre campanaria precedente stava mettendo in pericolo un affresco attribuito al Giambellino.
All’interno dell’edificio, nel presbiterio, si può ammirare l’affresco del padovano Gerolamo Tessari raffigurante la Madonna col Bambino e i Santi Leonardo di Noblac e Prosdocimo. Quest’ultimo, protovescovo di Padova, è rappresentato con in mano la brocca d’acqua santa con cui battezzò Santa Giustina.