Il museo, allestito nel 1996 e gestito dal Gruppo Bassa Padovana, raccoglie reperti archeologici, mappe e foto aeree e scritture e documenti d’archivio relative agli antichi insediamenti del territorio, nati a partire dagli impianti di bonifica agraria di epoca romana.
Tali villaggi, ampiamente sviluppati tra il X e il XII secolo d.C., pur avendo assunto in passato un ruolo importante nell’occupazione e nella gestione del territorio, sembrano scomparire del tutto nel Basso Medioevo (XIV-XV secolo). Inurbamento, pestilenze e bonifiche potrebbero essere tra le plausibili cause di tale scomparsa. Il percorso espositivo si articola in tre sezioni. All’interno della prima sala sono illustrati i metodi d’indagine utilizzati per l’identificazione delle località in cui sorgevano tali villaggi, le tracce materiali lasciate e le condizioni ambientali originarie. È possibile inoltre osservare il plastico ricostruttivo di un tipico villaggio alto medioevale, caratterizzato da semplici capanne in legno e paglia e un unico edificio in muratura: la chiesa. Tutt’attorno erano generalmente realizzati una palizzata difensiva su terrapieno e un fossato.
Nella seconda sezione sono esposte interessanti raccolte di reperti tra cui vasellame, oggetti d’uso domestico (come pesi da telaio) e oggetti d’ornamento (spilloni in bronzo, fibbie, perle), recuperati presso i siti identificati. La terza e ultima sala, invece, è interamente dedicata al villaggio scomparso di Villa.