Secondo la tradizione, il santuario venne fondato nel luogo dell’apparizione di Maria a un bambino muto, cui la Vergine aveva prodigiosamente concesso il dono della parola. I concittadini, riconosciuto l’evento miracoloso, vollero allora dedicare alla Madonna un piccolo oratorio in muratura. Alla Vergine del Santuario si attribuisce anche il merito di aver risparmiato gli abitanti di Terrassa Padovana dall’epidemia di colera che flagellò la popolazione nel 1886. Ancora oggi il santuario è meta di quanti giungono sin qui in pellegrinaggio per chiedere a Maria la guarigione da qualche malattia.
L’edificio attuale risale al 1499, quando la nobile famiglia locale dei Bragadin finanziò i lavori di riedificazione di una nuova e più grande chiesa. Si tratta di un edificio di grandi dimensioni (30 metri di lunghezza per circa 12 di larghezza), internamente suddiviso in tre navate terminanti in altrettante absidi semicircolari. A seguito del terremoto del 1688, inoltre, l’edificio subì alcuni interventi di restauro e risistemazione, che terminarono solamente nel 1716.
La gestione del santuario venne inizialmente affidata ai frati Agostiniani di San Marco di Mantova, ma dalla fine del Cinquecento questa passò ai Camaldolesi, che se ne occuparono fino al 1776. Dopo la soppressione napoleonica degli ordini monastici e il conseguente abbandono, il santuario venne affidato a un priore, sacerdote secolare.