Quella di Sant’Agostino fu la prima chiesa ad essere costruita a Bovolenta. L’edificio venne infatti realizzato nell’XI secolo e consacrato nel 1090 dal vescovo Milone. Dell’originario complesso, tuttavia, non rimane più nulla poiché la chiesa venne distrutta da un incendio e completamente ricostruita nel 1141. Dell’edificio a tre navate di questa fase sono ancora visibili alcune tracce nella controfacciata. Nel 1642, grazie alle donazioni dei fedeli, come ricordato dalle iscrizioni commemorative poste sui pilastri centrali davanti al presbiterio, la chiesa venne ampliata. Al XV secolo risale la pala della Crocifissione, opera di Pietro de Saliba, nipote del celebre Antonello da Messina, collocata al centro del presbiterio. All’interno della chiesa si possono ammirare numerosi altri dipinti seicenteschi di scuola padovana: la pala d’altare raffigurante Sant’Agostino è opera di Carlo Ridolfi, mentre a Bartolomeo Ceruti è attribuita l’Ultima Cena collocata nella parete sinistra del presbiterio e a Giambattista Bissoni la Gloria di San Carlo Borromeo e i Santi Domenico e Nicola del primo altare dopo il battistero.
Originarie del Settecento sono le sculture barocche in marmo che decorano l’altare maggiore e quelle di Sant’Agostino e della Madonna del Carmine.
Il battistero in marmo, datato 1771, è opera di Pietro Danieletti e decorato a bassorilievo dalle virtù teologali.