La Chiesa di Santa Margherita di Vigonza venne acquisita nel 1138 dal monastero di San Cipriano di Murano e, nel 1478, passò a quello delle monache benedettine di Santa Maria della Misericordia di Padova. Nel 1821 l’edificio, diventato inadeguato a ospitare il gran numero di fedeli che vi si raccoglievano, venne demolito e ricostruito (il campanile, invece, resta ancora oggi quello quattrocentesco). Il progetto per la realizzazione della nuova chiesa venne affidato al celebre architetto Giuseppe Jappelli, che disegnò e fece costruire un edificio a pianta circolare. La chiesa venne però abbattuta poco dopo (per gravi problemi strutturali) e la ricostruzione fu questa volta affidata all’ingegnere Jacopo Sacchetti. I lavori iniziarono nel 1834 e furono portati a termine nel 1837. A seguito dei danni subiti durante i bombardamenti della Seconda Guerra Mondiale, si resero necessari ulteriori interventi sull’edificio: la chiesa venne ampliata e dotata di quattro cappelle laterali che oggi ospitano il battistero e gli altari.
Al 1434 risale il crocifisso ligneo scolpito da Nicolò Baroncelli, allievo di Brunelleschi, conservato all’interno. Sempre al XV secolo sono datati anche gli affreschi del presbiterio, raffiguranti Cristo Redentore, Santa Caterina d’Alessandria (a destra) e Santa Margherita d’Antiochia (a sinistra).
