L’istituzione del museo è da far risalire alla fondazione del Collegio Zoojatrico di Padova, attivo dal primo ottobre 1774 sotto la direzione del Professor Giuseppe Orus (1750-1792). Verso la fine dell’Ottocento le collezioni museali passarono al Gabinetto di Zoologia e Anatomia Comparata, che acquisì anche i vari cataloghi indispensabili per ricostruire la storia dei preparati del Gabinetto Zoojatrico. Nel 1992, con la riapertura della Facoltà di Medicina Veterinaria presso l’Ateneo di Padova, il museo riprese le sue attività . Attualmente l’ente ospita numerosi preparati di anatomia normale e patologica, realizzati con tecniche diverse e disposti nelle quattro sezioni in cui si articolano le collezioni: Anatomia normale, Anatomia patologica, Ostetricia e Storia della chirurgia veterinaria.
Di particolare interesse è la presenza di preparati coevi al Collegio Zoojatrico attivo tra il XVIII e il XIX secolo, sopravvissuti ai numerosi trasferimenti e rimaneggiamenti e passati in carico alle Istituzioni biologiche. Nel museo sono inoltre conservati diversi scheletri interi, ossa di mammiferi domestici e selvatici, insieme a preparati plastinati di vari organi di specie di interesse medico-veterinario. Sono visibili anche ferri e strumenti medico-veterinari, comprese valigette e attrezzature di supporto originali risalenti al periodo tra le due guerre mondiali, cui si aggiunge anche una piccola raccolta di farmaci d’epoca.