Il museo ospita una collezione di 326 modelli di macchine e attrezzature agricole d’epoca realizzati in legno e in ferro. La costituzione della raccolta risale al periodo della direzione del Regio Orto Agrario di Padova da parte dell’abate Luigi Configliachi (1829-1854). Con l’evoluzione dell’insegnamento universitario agli inizi del Novecento, l’Orto Agrario cessò le sue attività e gli stabili vennero occupati dalla Facoltà di Ingegneria. Il materiale didattico venne così abbandonato in deposito per circa vent’anni, fino a che nel 1951 la Facoltà di Agraria si stabilì nei nuovi fabbricati edificati proprio su quelli che erano stati i campi sperimentali del Regio Orto Agrario. I modelli, di cui si riconobbe il forte valore storico e culturale, furono restaurati e nel 1988, a seguito del trasferimento ad Agripolis dell’attuale Dipartimento Territorio e Sistemi Agro-Forestali, venne creata la nuova collezione.
Le dimensioni dei modelli variano dai 3-4 cm a oltre un metro per quelli più grandi e le proporzioni delle varie componenti rispettano un preciso rapporto di scala. Il gruppo più numeroso è quello degli aratri; di notevole interesse sono le macchine usate per i lavori aziendali, quali i trinciapaglia, le lavatrici per le patate e le rape, la maciulla della canapa, i mangani, le arnie, le zangole, i torchi, che consentono di ricostruire la cultura agricola dei secoli scorsi. Alla collezione appartengono anche 138 modelli di attrezzi a mano che riflettono quelli impiegati nelle operazioni agricole e di manutenzione di parchi e giardini.