Le prime fonti scritte che menzionano questa piccola chiesa del piovese risalgono al XII secolo. L’omonima contrada di San Nicolò, che prende evidentemente il nome dalla chiesa stessa, è tuttavia attestata già in un documento datato al 1064. Il rinvenimento, al di sotto dell’attuale chiesa, di strutture pertinenti a un edificio di culto databile attorno all’anno Mille, conferma l’antichità della sua fondazione.
Di particolare pregio sono gli affreschi che decorano la parete interna dell’abside, una porzione dell’arco trionfale e la controfacciata: databili al Trecento, secondo parte della critica sarebbero da attribuire a diverse maestranze di scuola giottesca.
L’affresco absidale, in particolare, secondo alcuni sembrerebbe essere un chiaro rimando al Giudizio Universale della controfacciata della Cappella degli Scrovegni di Padova.